Alja Pregl je direktorica certificiranja proizvodov in vodja zagotavljanja kakovosti na SIQ, kjer je odgovorna za certifikacijo proizvodov ter vzdrževanje in pridobivanje akreditacij za preskusne in kalibracijske laboratorije, kontrolni organ ter certifikacijski organ za proizvode in sisteme vodenja. V okviru SIQ je vodila koordinacijo za evropski projekt PIM. Je presojevalka sistemov vodenja po zahtevah standardov ISO 9001:2008, ISO 13485, ISO/IEC 17025:2005 in ISO/IEC 17065:2012. Bila je ocenjevalka organizacij po modelu EFQM za priznanje RS za poslovno odličnost. Pri Slovenskem inštitutu za standardizacijo kot članica sodeluje v delovnih skupinah TC UGA/WG 1.